Področje odvajanja in čiščenja odpadnih voda v veliki meri ureja Uredba o odvajanju in čiščenju komunalne in padavinske odpadne vode (Ur. l. RS, št. 88/2011, 8/2012, 108/2013).
Odvajanje odpadnih voda
Podjetje upravlja s kanalizacijo v večjih naseljih v vseh treh občinah, z vaškimi kanalizacijami upravljajo krajevne skupnosti.
V upravljanju podjetja so kanalizacije Bovec, Žaga, Log pod Mangartom, Srpenica, Kobarid, Idrsko, Mlinsko deloma, Sedlo, Stanovišče, Breginj, Borjana, Robidišče, Homec, Logje, Sedlo, Svino, Drežniške Ravne, Ladra, Smast, Trnovo ob Soči, Podbela, Tolmin, Industrijska cona Poljubinj, Most na Soči, Modrej, Idrija pri Bači, Poljubinj, Volče in Tolminske Ravne. V letu 2011 smo v upravljanje dobili še kanalizacije v naseljih Plužna, Čiginj, Kozaršče, Sela pri Volčah in Volarje, v letu 2012 pa še kanalizaciji Čezsoča in del Podbrda. V drugi polovici leta 2015 smo dobili v upravljanje tudi kanalizacijo vasi Kamno. Z ostalimi kanalizacijami gospodarijo krajevne skupnosti.
Čiščenje odpadnih voda
V prostoru delovanja podjetje so zgrajene čistilne naprave Tolmin, Most na Soči, Volče, Podbrdo, Modrej, Kamno, Tolminske Ravne, Kobarid, Drežniške Ravne, Bovec, Trenta, Žaga, Čezsoča in Log pod Mangartom na katerih se čistijo komunalne odpadne vode, industrijske odpadne vode in padavinske odpadne vode.
Poleg dejavnosti čiščenja odpadne vode se je zagotavljala tudi izvedba prvih meritev in obratovalnega monitoringa ali izdelava ocene obratovanja za MKČN z zmogljivostjo manjšo od 50 PE in za MKČN z zmogljivostjo enako ali večjo od 50 PE, ki niso v upravljanju Komunale Tolmin.
